مقیاس سنتز به مقدار CPG اولیه برای شروع سنتز اشاره دارد و نه مقدار ماده نهایی سنتز شده. به عنوان مثال هنگامی که مقیاس سنتز 40 نانومول مشخص می شود، تقریباً 40 نانومول از باز اول به ستون سنتز اضافه می شود. در مورد یک توالی 25 نوکلئوتیدی تقریبا 25% از این مقدار صرف تولید توالی های ناقص می شود. بنابراین، تولید 40 نانومول محصول با توالی کامل از یک سنتز در مقیاس 40 نانومول امکان پذیر نیست. 
لطفاً توجه داشته باشید که مقادیر OD260 معیاری برای چگالی نوری کل نوکلئوتیدها هستند. از این رو، نه خلوص و نه مقدار ماده سفارش داده شده به طور شفاف منعکس نمیکنند. برای درک  بهتر به مثال زیر توجه کنید:
OD 1 برای توالی 20 بازی 5´CAT CGT ATT CGA TGC TAC GT 3´ معادل 5 نانومول از محصول با طول کامل می باشد. 
درحالیکه  OD1 برای توالی 40 بازی 5´CAT CGT ATT CGA TGC TAC GT CAT CGT ATT CGA TGC TAC GT 3´ معادل 5/2 نانومول می باشد. 
 

راندمان کوپلینگ روشی برای اندازه گیری میزان کارآمدی دستگاه سنتزکننده DNA در اضافه کردن بازهای جدید به زنجیره DNA در حال رشد می باشد. اگر هر باز موجود در زنجیره DNA با باز جدید با موفقیت واکنش نشان دهد، راندمان جفت شدن 100٪ خواهد بود. تعداد کمی از واکنش های شیمیایی 100٪ کارآمد هستند. میزان استاندارد راندمان کوپلینگ برای فرایند سنتز DNA حدود 98.5٪ و حداکثر راندمان جفت شدن حدود 99٪ می باشد. این بدان معناست که در هر مرحله کوپلینگ تقریباً حداقل 1٪ از بازهای موجود با با باز جدید اضافه شده واکنش نمی دهند. راندمان کوپلینگ به طور قابل توجهی تحت تأثیر کیفیت مواد خام (آمیدیت ها و محلول ها)، ابزارها و پروتکل های سنتز مورد استفاده قرار می گیرد.
سیستم QC (کنترل کیفیت) شرکت ژن سازه تضمین می‌کند که هر سری جدید از مواد شیمیایی از کنترل‌ کیفی های دقیق عبور می‌کند. دستگاه های ما توسط یک برنامه تعمیر و نگهداری به خوبی سازماندهی شده سرویس می شوند و چرخه های سنتز کاملاً با نوع الیگوی سفارش شده تنظیم می شوند. 
 

بازده جفت شدن مهم است زیرا تاثیرآن در طول سنتز DNA تجمعی می باشد. جدول زیر تأثیر یک درصد اختلاف در راندمان کوپلینگ و چگونگی تأثیر آن بر مقدار محصول با طول کامل را به دنبال سنتز الیگو با طول های مختلف نشان می دهد. با در نظر گرفتن الیگوی نسبتاً کوتاه 20 نوکلئوتیدی، یک درصد اختلاف در راندمان کوپلینگ می تواند منجر به اختلاف 15 درصدی از نظر محصول نهایی با طول کامل شود.
       

جدول همچنین نشان می دهد که هرچه یک الیگو طولانی تر باشد، بازده محصول با طول کامل کمتر خواهد بود. با فرض راندمان جفت شدن 99 درصد، از محصول خام یک سنتز 95 نوکلئوتیدی، فقط 38.5 درصد الیگونوکلئوتید با طول کامل تشکیل می شود. به علاوه جداسازی توالی های کامل و ناقص از یکدیگر توسط HPLC منجر به کاهش هرچه بیشتر محصول نهایی خواهد شد.
 

سنتز DNA یک فرآیند پیچیده است که در سال های گذشته به طور قابل توجهی بهبود یافته است. علی‌رغم این پیشرفت‌ها، همه تولیدکنندگان به صورت ذاتی درصدی خطا خواهند داشت. ما دائماً در حال توسعه فرآیندها و سیستم های خود هستیم تا این نقصان را به حداقل برسانیم. با این حال، اجتناب ناپذیر است که گاهی اوقات مجبور شویم برخی از الیگوها را دوباره سنتز کنیم. لطفاً توجه داشته باشید که ژن سازه کنترل‌ کیفی دقیقی را روی هر الیگوی سنتز شده انجام می‌دهد. اگر یک الیگو نتیجه قابل قبولی در تست های کنترل کیفیت ما به دست نیاورد، دوباره سنتز می شود.
 

الیگوهای استاندارد فاقد مدیفیکاسیون (≤33 نوکلئوتید) که قبل از ساعت 1 بعد از ظهر سفارش داده شده اند، 3 روز کاری بعد ارسال خواهند شد. اولیگوهای طولانی تر و دارای مدیفیکاسیون که با HPLC تخلیص شوند برای آماده شدن به یک روز کاری اضافی نیاز دارند. 
 

این به پیچیدگی (طول، ترکیب بازها، مدیفیکیشن) مولکول درخواستی شما و همچنین به کاربرد مورد نظرآن بستگی دارد. توالی های ناقص ممکن است هم در حین و هم پس از سنتز ایجاد شوند. با توجه به ماهیت شیمی سنتز (بازده جفت شدن <100٪) توالی‌های ناقص (n-x)، رنگهای آزاد و محصول بدون لیبل در محصول خالص‌نشده «خام» باقی خواهند ماند. 
ما قویاً توصیه می کنیم که همه اولیگوهایی که دارای مدیفیکاسیون هستند و همچنین الیگوهای با بیش از 80 نوکلئوتید صرف نظر از نوع کاربردشان  با استفاده از HPLC تخلیص شوند. 
برای کاربردهای حساس مانند سنتز ژن، ساب کلونینگ، جهش زایی و موارد مشابه، خالص سازی HPLC باید برای الیگوهای با بیش از 45 نوکلئوتید در نظر گرفته شود.
تخلیص با استفاده از HPLC (بدون هزینه اضافی) برای همه پروب های دارای لیبل دوگانه و/یا الیگوهای دارای چند لیبل وهمچنین برای همه RNAها و نیزالیگوهای مقیاس بزرگ ما است.
 

بسیاری از فسفرآمیدیت‌های تغییر یافته پایداری کمتری دارند و به اندازه بازهای معمولی جفت نمی‌شوند (حتی در صورتیکه از زمان کوپلینگ طولانی‌تری استفاده شود)، بنابراین توالی‌های ناقص در مقایسه با سنتز معمولی فراوان‌تر خواهند بود. در نتیجه، الیگوهای دارای مدیفیکاسیون باید با HPLC خالص شوند تا توالی‌های ناقص حذف شوند که درنتیجه بازده نهایی کاهش می یابد و محصول نهایی با خلوص تقریباً 100٪ تولید می شود.
 

قبل از هرچیز، ما قویاً به مشتریان خود توصیه می کنیم که بیش از یک کلون را انتخاب کرده و نتایج توالی یابی را با هم مقایسه کنند. در بیشتر موارد، تعیین توالی حداقل 3 کلون برای یافتن کلون با توالی مورد نظر کافی است. این نیز به دلیل شرایط خارج از کنترل تولید کنندگان پرایمرمی باشد، مانند خطاهای ایجاد شده توسط آنزیم هایی مانند Taq polymerase که در آزمایشات پایین دست استفاده می شود. Taq ممکن است نرخ خطایی تا 0.25٪ داشته باشد. اگر از Taq استفاده نشده باشد، تفاوت می تواند به دلیل یک ناقل نوترکیب یا خطاهای "خود اصلاحی" سیستم سلول میزبان باشد.
البته این مشکل می تواند به دلیل پرایمرها نیز باشد. اضافه شدن نوکلئوتیدها به فسفرآمیدیت های دتری‌تیله‌ای آزاد که در حین فرایند جفت شدن وجود دارد نسبت داده می‌شود، در حالی که حذف‌ها احتمالاً به دلیل توالی‌های ناقصی است که به درستی کلاهک گذاری نشده اند و درنتیجه تا انتها گسترش یافته اند.
با این حال، توضیح بهتر برای مشاهده توالی های نادرست، دپروتکشن ناقص الیگونوکلئوتید می باشد. اگر یک اولیگو همچنان دارای یک گروه محافظ  در یک یا چند موقعیت باشد، این گروه به محصول PCR و سپس به E.coli منتقل می‌شود. در اینجا، سیستم تعمیر عدم تطابق میزبان احتمالاً سعی خواهد کرد ناهنجاری مربوطه را با یک نوکلئوتید جدید اصلاح کند، که ممکن است اشتباه باشد.
به طور کلی، هرچه الیگو طولانی‌تر باشد، احتمال واکنش‌های جانبی در طول سنتز اولیگو بیشتر می‌شود و احتمال بیشتری برای ایجاد دپروتکشن ناقص وجود دارد. دلایل بالقوه که باعث محصولات ناقص می‌شوند، دپوریناسون (که عمدتاً بر بازA تأثیر می‌گذارد) و تشکیل ساختارهای ثانویه به دلیل توالی الیگوها می باشند. هیچ راهی برای حذف کامل این اثرات وجود ندارد! با این حال، ژن سازه سعی می کند با بهینه سازی مداوم سنتز و همچنین پروتکل های تخلیص، این موارد را به حداقل برساند!
 

الیگوها بدون فسفات  در انتهای 3' یا 5' سنتز می شوند. 
 

واکنش های لایگیشن به یک فسفات 5' نیاز دارند. اگر الیگوهای شما حاوی فسفات 5' نباشند، لایگیشن با راندمان بسیار پایین رخ خواهد داد. مشکل را می توان بدون سفارش یک جفت اولیگو اضافی حل کرد: قبل از فرایند لایگیشن، اولیگوهای خود را به صورت آنزیمی با کیناز فسفریله کنید.
 

درمقیاس سنتز 0.2 میکرومول، حین فرایند جفت شدن، فسفرآمیدیت ها با غلظت 40 تا 50 برابری به واکنش اضافه می شوند . انجام این کار برای سنتز در مقیاس بزرگتر (مانند مقیاس 1.0 میکرومول) مقرون به صرفه نخواهد بود. سنتز در مقیاس بزرگ ، با غلظت 10 برابری  فسفرآمیدیت ها انجام می شود.  برای افزایش بازده نهایی سنتز در مقیاس بزرگ، زمان جفت افزایش می‌یابد تا راندمان کوپلینگ افزایش ‌یابد.
 

یک درجه طبیعی از تنوع در ظاهر رسوب اولیگونوکلئوتید عرضه شده وجود دارد. تغییر در ظاهر به خودی خود نشان دهنده نقص کیفی نیست. به طور کلی، ظاهر اولیگو نوکلئوتید ساده و دارای برچسب رنگ ممکن است از پودری تا هیالوئیدی متفاوت باشد. رنگ رسوب اولیگوی فاقد مدیفیکاسیون ممکن است از شفاف تا سفید مایل به زرد و مایل به قهوه‌ای متغیر باشد. رنگ رسوب الیگوهای لیبل دار با توجه به رنگ متصل شده متفاوت خواهد بود.
 

آب تصفیه شده، TE یا هر بافر بیولوژیکی (به عنوان مثال با pH فیزیولوژیکی) به عنوان رقیق کننده قابل قبول هستند. حجم رقیق کننده توصیه شده 100 میکرولیتر - 1 میلی لیتر است وغلظت نهایی بستگی به کاربرد مورد نظر و بازده محصول حاصل دارد. غلظت استاندارد برای پرایمرهای PCR  0.1 میلی مولار می باشد.
 

برای به دست آوردن حداکثر ماندگاری برای الیگونوکلئوتیدها، نمونه ها به طور کلی باید در محیط فاقد آب، در دمای ≤ 15-  درجه سانتیگراد در غیاب نور نگهداری شوند. در شرایط ذکر شده، نمونه ها حداقل به مدت 6 ماه پایدار هستند. پرایمرها در دمای 20- یا 70- درجه سانتیگراد  برای چندین ماه پایدار می ماند. از انجماد و ذوب مکرر باید اجتناب شود، زیرا این امر باعث دناچوره شدن  الیگو می شود. علاوه براین، پایداری الیگو در محلول به pH بستگی دارد. حل کردن اولیگوها در محلول های اسیدی ممکن است منجر به تخریب اولیگو شود. بنابراین، از استفاده از آب مقطر خودداری کنید، زیرا PH محلول ممکن است 4 تا 5 باشد.
برای جلوگیری از هرگونه آسیب به الیگونوکلئوتیدهای مدیفای شده - به ویژه آنهایی که دارای برچسب فلورسنت هستند - ، توصیه میشود  قرار گرفتن در معرض نور را به حداقل برسانید. علاوه بر این، اگر قصد استفاده از الیگوهای دارای لیبل رنگ را در عرض 24 ساعت ندارید، توصیه می شود  آنها را با غلظت بالا و نه در رقت های کاری نگهداری کنید. هر چه ضریب رقت بیشتر باشد، فعالیت فلورسنت سریعتر از بین می رود. بنابراین، سعی کنید آنها را در علظت بالا و منجمد نگه دارید و فقط یک بار ذوب کنید، بلافاصله  قبل از استفاده رقیق کنید و در دمای 4 درجه سانتیگراد و در تاریکی نگهداری کنید.
 

بله، آنها به شرح زیر هستند:
طول توالی - بیشتر توالی ها بین 18 تا 30 نوکلئوتید با میانگین 24 هستند. به یاد داشته باشید که هرچه الیگونوکلئوتید طولانی تر باشد، درصد محصول با طول کامل طی سنتز کمتر خواهد بود که خود منجر به بازده کمتر پس از تخلیص می شود.
ترکیب توالی - مطمئن شوید که توالی شما فاقد ساختار سنجاق سر و مناطق خود مکمل است. همچنین، بیش از شش بازمتوالی مشابه (یعنی GGGGGGG) می تواند مشکل ساز باشد و بازده نهایی را کاهش دهد.
محل لیبل ها-  در صورت امکان، لیبل ها را در انتهای 5' قرار دهید. سنتزDNA توسط دستگاه در جهت 3 تا 5 رخ می دهد. افزودن هر نوکلئوتید کمتر از 100٪ کارآمد است، و در نتیجه بخش کوچکی از اولیگونوکلئوتیدها به طور ناقص سنتز می شوند. قرار دادن لیبل در انتهای 5' تضمین می کند که فقط الیگو با طول کامل نشان دارشده است. علاوه بر این، از آنجایی که اکثر لیبل ها نسبت به اولیگونوکلئوتیدهای ساده آبگریزتر هستند، الیگوی نشان دارشده با طول کامل طی فرایند تخلیص با HPLC محکم تر به محیط فاز معکوس متصل می شود. این باعث افزایش جدایی بین توالی های اولیگونوکلئوتیدی نشان دار با طول کامل و توالی  های ناقص فاقد لیبل می شود.
مقیاس سنتز - اصطلاح "مقیاس سنتز" به مقدار CPG استفاده شده در شروع سنتز اشاره دارد. مقدار نهایی محصول تحویلی به طول توالی، ساختار ثانویه توالی، نوع مدیفیکاسیون مورد استفاده، موقعیت و تعداد آن در هر الیگونوکلئوتید و روش‌های خالص‌سازی مورد استفاده بستگی دارد.
روش تخلیص - یک روش تخلیص بر اساس سطح خلوص مورد نیاز برای کاربرد خاص انتخاب می شود.
 

OPC مخفف «کارتریج  تخلیص الیگونوکلئوتید» می باشد. این روش خالص سازی شامل کروماتوگرافی فاز معکوس (RP) است که الیگونوکلئوتیدهای کامل و تازه سنتز شده را از توالی های ناقص، محصولات جانبی و سایر ناخالصی ها جدا می کند. این تکنیک برای الیگونوکلئوتیدهایی با طول تا 40 نوکلئوتید بهترین را دارد.
سیستم تخلیص (HPLC)  نیز شامل کروماتوگرافی RP است اما در شرایط فشار بالا و بسیار کارآمد انجام می شود.
در هردو روش گروه DMT با استفاده از اسیدهای ملایم حذف میشود ، بنابراین امکان شستشوی الیگونوکلئوتیدهای خالص و دتریتیله شده فراهم می شود.
 

(HPLC) آماده سازی با جداسازی اجزای حاصل از یک نمونه سروکار دارد و می تواند در مقیاس کوچک، متوسط و بزرگ انجام شود. به عبارت دیگر، هدف از HPLC آماده سازی، جداسازی و خالص سازی یک محصول است. در عمل، نمونه از آشکارساز به جمع کننده می رود یا به صورت دستی جمع آوری می شود.
HPLC تحلیلی به فرآیندهای جداسازی و شناسایی اجزای یک نمونه اشاره دارد. معمولاً یک فرآیند در مقیاس کوچک است که هدف آن تعیین کمی و کیفی یک ترکیب است. نمونه بعد از استفاده به ظرف زباله منتقل می شود.
 

با مراجعه به وب سایت شرکت ژن سازه به آدرس www.genesaze.com  می توانید توالی الیگونوکلئوتید خود را وارد فرم آنلاین نموده و برای سفارش ارسال نمایید.
 

برچسب روی لوله اولیگو اطلاعات اولیه مانند نام اولیگو، نام شخصی که آن را سفارش داده است، توالی الیگو شامل مدیفیکیشن ها،  شناسه اولیگو، مقدار DNA(OD260و نانومول)، Tm و وزن مولکولی را نشان می دهد.
علاوه بر این، شما یک برگه گزارش سنتز حاوی اطلاعات دقیق تر در مورد خواص فیزیکی-شیمیایی اولیگو، مانند ترکیب و تعداد باز، درجه خلوص، مقدار DNA(OD260و نانومول)،  Tm و وزن مولکولی دریافت خواهید کرد. اگر تخلیص با HPLC را سفارش داده‌اید یا الیگوی سفارشی شما به ‌طور پیش‌فرض با HPLC خالص شده باشد (به عنوان مثال اولیگوهای دارای لیبل دوگانه ، اولیگوهای مقیاس متوسط و بزرگ)، برگه  گزارش مربوط  به  کروماتوگرامHPLC  پری پرتیو نیز دریافت خواهید کرد.